Тоже за то чтобы иметь два раздельных репозитория - хоть они и делают одно и то же, но продукты всё-таки разные.
Да и CI/CD, если таковой будет, сделать будет легче.
И контрибуторам будет легче вкатиться - не все же знают одновременно и js и php.
Документацию действительно можно вынести в отдельную репу/сайт (сам бы так и сделал)
Как пример проекта, который сделан по такой логике - playwright.
API одинаковый, документация одна, вендор один, но реализован на Java, Python, C#, JS, и каждая реализация в своём репозитории.
А чтобы репозитории были более-менее сгруппированы - на гитхабе можно создать аккаунт организации