1) Как уже намекнул
nApoBo3, не должно быть проблемы обновить один микросервис - т.к. это не должно ломать совместимость с остальными, как минимум на несколько версий.
2)
Счастливые мы выкатываем их в прод
- как уже сказали, должно быть тестовое (staging, pre-production, your-name-it) окружение, чтобы деплоить туда и тестировать - хотя бы вручную, лучше автоматически
3) деплой должен быть автоматическим, со всеми зависимостями, чтобы ничего не забывалось