Если в галереи есть изображения в виде пустых квадратиков - это остатки закешированных .thumbnails кажется и их смело можно удалять, настоятельно рекомендую посмотреть на файловую систему адекватными файловыми менеджерами типа total commander, так же рекомендую проанализировать занимаемое место чем то типа Storage Analyzer & Disk Usage (строит диаграмму размеров занимаемого места для файлов и каталогов)
файлы фотографий могут храниться не только на карте памяти (или external storage, часть внутреннего диска используемая как внешнее ханилище) но и на внутренней памяти, возможно файлы были удалены но миниатюры там остались, можно сделать резервную копию всей мультимедиа и очистить данные приложения - камера
