В линуксе все проще (относительно конечно).
Все, что может быть подмонтировано, как блочное устройство, может быть зашифровано стандартными средствами, например, через dm-crypt, luks и вспомогательную утилиту cryptsetup.
Все, что может быть подмонтировано, но не как блочное устройство, может содержать в себе файл, который можно подмонтировать как блочное устройство через loop device. А уж потом защифровано через cryptsetup :)
Другими словами, если у вас есть возможность подмонтировать какой нибудь cloud, то на нем можно создать зашифрованный файл, который будет подключаться, как отдельный зашифрованный диск.