пакет ищется в скачанных листингах репозитория (обновляются по apt update).
кеш лежит в /var/lib/apt/lists.
из всех подходящих записей выбирается запись с самым большим значением Version
из этой записи берется ссылка на пакет и скачивается.
после чего пакет передается dpkg для установки.
обычно (и конкретно для apt) это листинг описаний пакетов.
внутри каждого пакета есть специальный файл control, описывающий назначение пакета. вот из них и делается листинг репозитория.
добавляется ссылка на пакет внутри репозитория и хеш-суммы для проверки идентичности скачанного пакета.
к примеру, в генту может быть действительно скрипт скачивания исходников пакета из оригинального хранилища + преобразования.
shledon, ну обычно "откуда брать" и так понятно, ну т.е. у репозитория есть формат, и он зашит в пакетный менеджер. Т.е. ты можешь указать какой-то url, если хочешь например своё зеркало репозитория иметь и с него работать, но внутри там должны быть конкретные пути и файлы с именами в конкретном формате.
man strace
это уже "разжёвывание на более низком уровне", того, что именно происходит,
вы это хотели узнать?
если вам не нужны "системные дебри", то ответ выше, вас удовлетворит :)