Ну как минимум гитхаб пейджес занимается только раздачей статики.
Ну и ещё всякие ограничения по мелочи есть.
Без конкретики о том, какие проекты и куда заливают, сказать сложно.
Заливают изначально не с гитхаба, а с локального компьютера вообще то.
А хостинги бывают разные. Куда надо, туда и заливают. Например бот это не сайт, а приложение, которое нужно запускать. Поэтому отправляют его на хероку.
На heroku и иже с ними обычно заливают проекты с серверной частью или программы косвенно связанные с вебом. У меня, например, там с дипломки висит сайт на Django (фреймворк на питоне) и дискорд-бот.
Github pages же предназначен для "статичных" сайтов - одностраничников\лендингов\состоящих из пары страниц, с небольшим количеством JS.
Василий Банников, так-то да, можно, в теории на GP запихать сайт с любым количеством js. Однако, кмк, под такие сайты лучше уж взять какую-нибудь выделенку, она как минимум больше трафика больше выдержит. К тому-же, сейчас многие сайты с "большим" количеством js`a пишут на реакте/ангуляре и прочих фреймвоках.