Есть некая библиотека, в зависимостях которой есть пакет "illuminate/support:5.3.*". При запуске composer install или composer update, как с удаленными vendor и composer.lock, так и без них, происходит успешная установка всех зависимостей, кроме упомянутой выше. Вместо нее в vendor оказывается вот это:
laravel
framework
src
illuminate
В чем фокус? В итоге PhpStorm считает, что пакет не установлен, подсвечивая его волнистой линией в composer.json. На Packagist при этом пакет существует как
отдельный, ссылки на код ведут в соответствующий репозиторий на Github.