1. Каким-нибудь скриптом на серверном языке который вы знаете. Python, Nodejs, PHP, Ruby or any. Берете в этом языке библиотеку по работе с изображениями, и склеиваете.
2. Можете попробовать Grunt.js или Gulp. У них вроде как-раз были плагины под создание спрайтов.