Я пишу стиллер для себя(в ознакомительных целях ) и просто понять как оно работает, я нашёл Login Data, но при открытии, пустая база, почему? И есть ли способ узнать пароли из файла для Google Chrome
Login Data это обычный файл БД Sqlite3, который открывается без проблем. Пароль там хранится в зашифрованном виде. До 80 версии шифровался просто DPAPI (т.е. расшифровать можно было только под той учетной записью Windows, под которой он был сохранен). Сейчас алгоритм немного изменился (на GitHub полно примеров), но смысл тот же.
Так почти у всех Chrome подобных браузерах. У Яндекс.Браузер свой алгоритм хранения и расшифровать аналогичным способом его нельзя.
Борьба с троянами это не задача браузера. В браузере пароль шифруется исключительно с целью скрыть пароли от других пользователей.
А при чем тут популярность браузера? Яндекс решил извернуться и сделал сохранение паролей по своему, остальные (по крайней мере те, что я видел) изобретать свой велосипед не стали и хранят их так же, как это предусмотрено изначально в движке.