На деле стандартная библиотека (stl) мало чем отличается. C Posix функции опять же мало чем отличаются, разве что MS рекомендует использовать свои безопасные версии.
Главное различие кроется не в C++, а в самих платформах, слегка измененная работа с сетью (для чего-то простого) и совсем другая (для сложного, если же использовать boost::asio к примеру, то ничем), другая файловая структура (на деле даже удобнее, что не надо экранировать слеши), разница во всех системных API, тут уже никуда не денешься.
Переход на деле не такой сложный как кажется.