Вопрос неполон без указания пакетного менеджера.
Например,
вот перевод объяснений позиции Debian, почему не торопятся переводить транспортный уровень на https.
Если интересующий вас пакетный менеджер так же верифицирует скачиваемые пакеты - то и вывод будет аналогичным: это достаточно безопасно.