Под наивным "взаимосвязь" скрывается несколько совершенно различных технологий.
Пакеты pyautogui и pywinauto занимаются вопросами имитации пользовательского ввода (и вообще взаимодействия с интерфейсом программы).
Если тебе нужно лезть в чужую память - то тут уже нужно использовать win32 API функции ReadProcessMemory()/WriteProcessMemory(). Модуль ctypes в помощь.
Если тебе нужно лезть в трафик чужого приложения, есть такая штука как dpkt.
Фокус в том, что ни один из этих инструментов не тривиален в использовании. Нужно хорошо представлять устройство памяти процесса в windows, устройство оконного интерфейса в windows или устройство сетевых протоколов, в зависимости от задачи. А это дело не одного месяца.