Допустим, подключены два файла:
// auth.js
var myAuth = "secret";
// logic.js
function logic() {
console.log(myAuth);
}
Когда оба файла включены в страницу, это то же самое, как склеить их содержимое и вставить прямо в тело страницы:
<script>
var myAuth = "secret";
function logic() {
console.log(myAuth);
}
</script>
Поэтому все друг друга видят, слышат и дружат )
Просто размещение кода в отдельном файле не изолирует его код от прочего.
Распространённая практика во время разработки держать код по разным файлам, логически разделяя. А для продакшн собирать весь код в один файл (или несколько, чтобы куски сборки сделать полегче).