Все зависит от того, где именно запускается скрипт. VS просто может запустить скрипт из папки с пользователем, когда PyCharm запускает скрипт непосредственно в папке со скриптом.
GH0st_is_HAcker, Если я правильно понимаю то да, можно. Ставите расширение Python (если оно вдруг не стоит). Параметры, в строке поиска вбиваете это (python.terminal.executeInFileDir) и ставите галочку.