Как на самом деле работает mod_rewrite.
mod_rewrite запускает обработку запроса снова и снова, до тех пор, пока он не перестанет меняться.
Флаг [L] останавливает текущую итерацию обработки запроса. Однако если запрос был изменен теми RewriteRule, которые все-таки успели отработать, Apache запустит цикл обработки запроса заново с первого RewriteRule.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/lechenie-diarei
Это условие нормально работает только на первой итерации обработки запроса.
Но когда сработает правило для ЧПУ вордпреса
RewriteRule . /index.php [L]
содержимое %{REQUEST_URI} поменяется на /index.php и Apache запустит цикл обработки запроса заново с первого RewriteRule.
Вместо %{REQUEST_URI} можно проверять %{THE_REQUEST}.
Там всегда первоначальный запрос целиком
GET /path HTTP/1.1
RewriteCond %{THE_REQUEST} !^\S+\s/lechenie-diarei
или так
RewriteCond %{THE_REQUEST} "! /lechenie-diarei"
Ещё можно использовать переменную %{ENV:REDIRECT_STATUS}.
Там сохраняется код с которым завершилось предыдущее перенаправление.
На первой итерации в этой переменной пусто.
RewriteCond %{ENV:REDIRECT_STATUS} ^$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/lechenie-diarei