Зависит от данных. Своё, понятное дело, лучше, если данные вы желаете считать своими, а не дядиными.
Seafile (опенсорс) или BTsync - для тех случаев, когда вы хотите синхронизироваться с облаком (а-ля Dropbox).
OwnCloud - больше похож на что-то в духе старой доброй самбы, только по WebDAV. Крутой, но синхронизация паршивая. Ну и вебморда хорошая.
Есть ещё нечто среднее - AeroFS, все файлы принадлежат вам, на чужие серверы не попадают (пока галку не поставите), но синхронизация инициируется через чужие серверы (файлы же копируются через p2p). В отличии от BTSync работает порезвее.