Очень неполное описание, честно говоря. Не указаны ни версия конфигурации 1С, ни банк, к которому подключаетесь, ни модули, которые ставили (собственно, для большинства банков в 1С особо никакие модули ставить не надо, оно из коробки работает).
Очень вероятно, что сообщение о трояне связано с неправильной настройкой 1С. Например, стучит по неправильному протоколу или передает некорректные данные.
Если нужна помощь, постучитесь в ТГ, потому что публично такие вопросы не стоит обсуждать. Могу помочь, но не бесплатно.