Потому что в Яндекс.Директ показы рекламных объявлений осуществляются по аукционной модели VCG. Рекламодатели оценивают и назначают ставки за каждую позицию объявления по каждому запросу. Соответственно все цены на отдельные запросы (таргетинги) будут отличаться между собой, так как среди них есть более интересные и менее интересные. И в рамках одного запроса цена за разные позиции может отличаться, так как первые позиции оцениваются сильно выше, поскольку они, как правило, эффективнее для рекламодателя. На низких позициях, с объёмом трафика менее 15, показ объявлений на первой странице вообще не гарантируется.