Если скрипт небольшой, то можно скопировать его локально, запустить в SSH-сессии простой редактор типа nano, и вставить туда. Под виндой Putty это умеет.
Другой вариант - выложить скрипт в сеть, и скачать по прямой ссылке через wget.
Третий вариант, пожалуй, предпочтительный - использовать scp, или вариант этой утилиты из пакета Putty (
тыц)
В любом случае вопрос не имеет отношения к Python. 
