С учётом того, что вы упоминаете проблему с подпапками, надо пробовать руками.
Попробуйте два варианта строк ниже, добавляя их перед
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
. Это если у вас стандартный вордпрессовый .htaccess.
Это два независимых варианта, попробуйте сначала один, затем другой. Замените
excluded_folder
на реальное название вашей верхней папки.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/(excluded_folder|excluded_folder/.*)$
- или -
RewriteRule ^excluded_folder(/.*)?$ - [L,NC]
Также потом обратите внимание на то, что WordPress любит перезаписывать .htaccess, соответственно, может потереть ваши правила.