Да, можно весь диск D:\ запихнуть в папку на диске C:\
Попробуйте
mklink через консоль:
mklink /d c:\diskD d:\
Не совсем то, что вы просите. Но имхо это наиболее простой и стабильный вариант. Ведь если диски склеивать магическим образом, то не понятно, как должна вести себя система при отказе одного из них. А если скорости у них разные, то вы сами выбираете, что на каком диски размещать. Правда, переместить так весь Program Files будет не просто, но это другая история.