Нашел еще 2 способа с графическим интерфейсом на Win
1. Упаковать через WinRar. Можно выделить нужные папки, затем через контекстное меню
"Добавить в архив". В открывшемся окне переходим в файлы и ставим галочку
"Помещать каждый файл в отдельный архив". Не обращайте внимание на такое название. Если выбраны папки, то он упаковывает по типу одна папка -> один архив.
Минусы: можно архирвировать только в 2-х форматах. RAR и zip.
Мне нужно было упаковать в 7zip и я решил попробовать бесплатный и свободный архирватор PeaZip. Есть под Linux и Windows. И там точно также есть возможность упаковать каждую папку в отдельный архив. Есть много настроек, поддержка большого кол-ва форматов включая 7zip и даже автоматическая генерация скрипта для работы через терминал/командую строку. Это вообще очень круто. Можно бекапы замутить через cron или планировщик. Причем скрипт генерируется автоматически. Вы лишь выбираете нужные вам параметры в графическом интерфейсе.