Если приложение не требует интерактивности (а-ля диалоговые окна), то да, лучше предоставить возможность запускать его как службу. Плюсы, в частности, автоматический перезапуск при падении, отсутствие необходимости логина на комп, где его установили, минусы в более сложной отладке (stdout? какой ещё stdout?) и необходимости более конкретно описать взаимодействие с приложением.