1. Оформите свой код в теги, что-бы можно было понять, что делает ваша программа.
2. Напишите свой вопрос, используя грамматику русского языка, что-бы можно было понять, а в чем собственно ваш вопрос заключается.
3. Попытайтесь объяснить, что значит "использовать другие програмы с помощью кода python" в общепринятой терминологии.
4. "оно используется на открытих окнах " - кто ОНО и на каких ОКНАХ (в множественном числе)?
5. то есть я тип работаю в другом окне а она работает в другом окне - т.е. вы запустили программу в одном окне, а сами переключились в другое? - Да так можно. (Похоже, именно это и есть ответ на ваш вопрос)
6. Или же можно ли сделать чтобы она работала вместе с програмой в фоновом режиме? - кто ОНА, вместе с какой программой? Что значит "вместе"? В фоновом режиме можно выполнять любую программу, не ведущую диалог с пользователем (на то он и фоновый). Причем таких программ можно поназапускать столько, сколько позволяют ресурсы вашего компьютера.