Во-первых, не используйте имена штатных типов и функций в качестве переменных (например, list). Вместо этого, если уж так хочется, пишите my_list или list_of_path
Во-вторых, для работы с путями удобнее использовать библиотеку pathlib (лучше даже pathlib2)
В-третьих, вместо использования for item in range(len(my_list)) лучше использовать конструкцию for i, value in enumerate(my_list)
Ну и, в-четвертых, вы каждый раз переписываете файл done.txt, так как указали “w”. Этот параметр затирает существующий файл. Вам надо один раз создать этот файл, а затем использовать параметр “a”, (от слова append) чтобы добавлять к существующему новые строки.
P.s. параметр “a” также сам и создаёт файл, если таковой ещё не существует.