Я бы сделал бекап НЕ плагином, а вручную:
1) отдельно базу данных (она не будет весить много, максимум 20-50 Мб для такого магазина, лучше сразу в gzip - выйдет еще меньше, обычно до 10 Мб).
2) отдельно архивировал бы файлы - и при этом смотрел, чтобы какие-то старые архивы, или ненужные папки не попали в новый.
В магазине больше всего тянут картинки, но даже для 3000 товаров 13 Гб - многовато, если в среднем брать по 300Кб на картинку и 5 картинок на товар, то =3000*5*300/1024/1024 = около 4 Гб.
Ну система еще 1 Гб накинем за глаза, итого 5 Гб
Видимо попал какой-то мусор туда, или картинки залили неоптимизированные, или много форматов картинок автоматически создается в wp, или какой-то мусор захватывается.
Поэтому файлы я бы архивировал тоже вручную и смотрел - что там тянет больше всего.
Если всё же картинки, и нельзя их оптимизировать и удалить лишние, то просто их бы не бекапил, какой смысл... бекап важен для программных файлов, шаблона и базы данных, чтобы быстро откатиться назад, если что-то пошло не так. Изображения можно оставить в стороне.
В этом случае у вас получится база данных на 10 Мб + система и шаблон на 300-500 Мб.
И обновляйтесь.
Средний
Простой