1. выгрузите в файл, посмотрите что выгрузка идет.
2. посмотрите совпадают ли внешний код ИБ и выгрузки в 1С
3. проверьте магазин - настройка синхронизации с 1с, может ли 1с создавать сама ИБ
В режиме отладки 1С проверяйте, что выгрузка идет в на правильный сайт и в правильный каталог
С помощью сетевого монитора (вайршарк, фидлер, пр.) проверьте трафик, что соединение реально было, с правильным хостом и файл выгрузки реально был передан
В режиме отладки Битрикс проверяйте, что загрузка реально запускается и файл данных ищется в правильном каталоге, а далее куда записывается прочитанная информация