Допускается ли возможность заражения машины сугубо открытием ссылки на сайт?
Да, такая возможность существует.
браузерный JavaScript практически изолирован от прямого доступа к внешним приложениям.
Теоретически это так. На практике могут существовать уязвимости.
JS это код который выполняется на вашей машине, да его постарались изолировать, но изоляцию можно обойти.
Это не просто, но возможно.
Кроме того не стоит забывать что у большинства браузер обвешан плагинами - причем плагин может иметь доступ к системным функциям.