Multisite это не плагин, работает из коробки с помощью установки констант в файле wp-config.php и правил в .htaccess. Мультисайт позволяет в рамках одной админки администрировать несколько сайтов, каждый сайт будет иметь разные таблицы в базе данных ( wp_options, wp_2_options, wp_posts, wp_2_posts и т.д. ). Каждый сайт в мультисайте может иметь свои настройки, свою тему и свой набор активированных плагинов
Что такое «слияние» в вашем понимании это загадка. Вы хотите, чтобы база была одна, но часть страниц имели одну тему и плагины, а другая часть другую тему и плагины? Так работать не будет
Если же вы имеете в виду «склейку сайтов», то нормальный план - перенести отличающийся контент с одного сайта на другой, поправить под них дизайн и с донора поставить 301 редиректы на новые адреса страниц