1. отсортировать файлы:
sort first.txt -o first_sorted.txt
sort second.txt -o second_sorted.txt
2. сравнить отсортированные файлы и вывести строки, которые есть и в первом и втором файле:
comm -12 first_sorted.txt second_sorted.txt > result.txt
p.s. для windows есть подобные утилиты в gnuwin32 или в cygwin