Прикладная информатика имеет более глубокий уклон в программирование, мало затрагивая вопросы схемотехники. Радиоэлектроника больше смотрит на схемотехнику, но меньше на программирование. В Вашем сценарии радиоэлектроника ближе, так как Вы говорите ("дебажить платы") об аппаратной части. Программирование микроконтроллеров туда входит.
Субъективно, радиоэлектроника дает более широкие знания, чем прикладная информатика, а то, что не входит в программу (собственно современное программирование), легче освоить самостоятельно, чем, например, влияние излучения на микроконтроллеры.
