Сам Yii может работать как на Windows так и Linux, главное что бы был развернут необходимый набор ПО в системе. Вы можете в процессе учебы спокойно работать под видной и маловероятно что это вызовет какие-то проблемы. Но стоит понимать что писать учебные проекты и реальные это две разных вещи. В реальных проектах могут существовать задачи которые без линукса реализовать просто невозможно - например, реализация функционала взаимодействующего с ОС, или задачи требующие установки определенных расширений (которые на винду поставить не так то легко, а порой и невозможно). Т.е. все равно рано или поздно Вы столкнетесь с Linux, но я думаю чем раньше Вы это сделаете тем больше пользы для себя извлечете.
Так же согласен
Rou1997 и
Decadal большинство серверов работает под линуксом, поэтому навыки работы с ним ОБЯЗАТЕЛЬНЫ для полноценной работы в отрасли веб-разработки
P.S. можете еще посмотреть
вот эту книгу (правда еще сам не читал), а так же
документацию на гитхабе (на русском) 
