Способов, как минимум, несколько. Первое, что приходит на ум - это программы аля "Акронис". Второй способ чуть сложнее и требует более глубоких знаний GNU/Linux. Сделать tar образ системы на внешний носитель, развернуть его в целевой системе, поправить fstab, прописать загрузчик (виндовый или grub)
