Читаете так:
$filename = "$dir/$file";
$handle = fopen("$filename", "r");
$contents = fread($handle, filesize($filename));
fclose($handle);
Записываем в файл и закрываем его
$handle = fopen("$filename", "w");
if (fwrite($handle, $contents) === FALSE) {
echo "Не могу произвести запись в файл ($filename)<br>";
exit;
}
fclose($handle);
Только w поменяйте на нужный вам, а то вы его так перезапишете