На мой взгляд, каждой БД можно найти своё применение. Всё зависит от необходимости, возможностей систем баз данных, а также основных требований проекта. Первые две, из Вашего "списка" - привычные БД, верно... их многие и часто используют, они просты в логике и легки в "употреблении". Также есть Н-ое количество вещей, которые в MariaDB (Mongo DB) сделать нельзя, по-моему, трудности возникали с сортировкой и более сложными запросами по выборкам. Если меня не подводит память, то Mongo DB быстрее.
Почему не используют? Да, скорее всего Вы правы - это дело привычки для большинства "самоделкиных". Насчёт страха - не уверен, многие просто могут не знать что это за зверёк такой "Mongo"...
