7к товаров выгружаются в общем случае максимум полчаса.
не могу подсказать по 1С, а по битриксу - проверьте систему встроенными средствами, в т.ч. БД, сделайте замер производительности - думаю, там будет за что зацепиться. На время выгрузки возможно стоит понижать уровень безопасности.
