Обсуждение похожего вопроса на github Electron'а.
Один из вариантов – написать на C++ собственный модуль для NodeJS, реализующий скрываемый функционал.
В вопросе не описано, как работает приложение: полностью автономно или клиент-сервер. Необходимость общения с сервером значительно упростила бы контроль оплаты.
Для автономного моё предложение: регулярно обновлять приложение, улучшая его с каждым релизом. При автообновлениях проверять статус подписки. Так «хакеры» лишились бы свежих версий.
