Есть система, на которой я могу создать магазин.
Условно это будет site.ru, после авторизации я могу создать магазин и оплатить его. Перейти в него могу вот так site.ru/store/1.
Как я могу для магазина сделать отдельный домен ? Куда смотреть и копать ? Пример такого сайта В таблице видны и кастомные домены
так а на чем делается магазин?
Это обычный роутинг, все что нужно сделать настроить веб сервер чтобы запросы со всех доменов падали на одну точку входа.
Сделать мидлвейр какой то для валидации доменов, и не пропускать лишние.