Почему колбек срабатывает раньше, чем надо?

Ну так а что делать если я не знаю когда именно выполнется console log 1?

Ну так а что делать если я не знаю когда именно выполнется console log 1? Как сдеалть четкую очередь console.logов? В Вашем случае мы знаем когда выполнится console.log(1).

function func1(callback) {
    setTimeout(function () {
        console.log(1);
        callback();
    }, 500);
}

func1(function () {
    console.log(2);
});

document.addEventListener('customEvent', function () {
    console.log(2);
});

function func1() {
    setTimeout(function () {
        console.log(1);
        document.dispatchEvent(new Event('customEvent'));
    }, 500);
}

func1();

function count(number, callback) {
    setTimeout(function () {
        console.log(number);
        callback();
    }, 500)
}

function start(callback) {
    setTimeout(function () {
        console.log('Давай посчитаем');
        count(3, function () {
            count(2, function () {
                count(1, callback)
            });
        });
    }, 500);
}

start(function () {
    console.log('Закончили.')
});