Node js на сервере и, скажем, webgl на клиенте
Безусловно лучше, чем PHP на сервере и Flash на клиенте.
Если углубляться, то популярные современные движки типа Unreal 4 и Unity 5 умеют собирать проекты в WebGL.
На Node.Js можно удобно выстроить шустрый игровой сервер. Http-запросы можно удобно обрабатывать, используя Koa, но для игр нужно соединение "в прямом эфире", т.е. без сокетов никак. Socket.IO в помощь.
Про базу данных ничего не скажу, выбор зависит от структуры проекта.
