Потому что не мышью единой. Если вы обрабатываете onmousedown, то вам еще нужно и о других позаботиться, ontouchstart, и прочих. Клик более универсален в этом плане, к тому же, не каждый пользователь кликает на ссылку с желанием по ней перейти. Возможно, он промахнулся, а может хочет ее перетянуть. Не пытайтесь оптимизировать то, что не требует оптимизации, разница между onmousedown и onclick, если пользователь желает перейти по ссылке настолько незначительна, что ее никто не заметит.
Другое дело, если вам необходимо обработать именно onmousedown. К примеру, для реализации долгого клика мышью, который бы открывал ваше контекстное меню. Вот именно для таких случаев это событие и существует.
