Includes возвращает false при проверке наличия элемента массива, если такого элемента в массиве нет.
Что вы проверяете вы не привели, поэтому это всё, что можно ответить на такой вопрос.
На самом деле, конечно, причина в том, что вы проверяете массив массивов на наличие в нём строки, но это не отменяет необходимости задавать вопросы нормально.
Вам нужно поменять структуру данных и отделить вопросы от ответов. А в findAnswer передавать ещё и номер вопроса, чтобы искать только среди его ответов. Ну или сразу туда массив правильных ответов передавать.
