Проблема состоит в том что .includes возвращает false при проверке наличия элемента массива который должен ввести пользователь при том что этот элемент есть в массиве
var answers = [
["Зимой и летом одним цветом.", "елка", "ель"],
["Речка спятила с ума — по домам пошла сама." , "водопровод" , "канализация"],
["Орехов не ест, сахара не просит, а щипцы с собой носит." , "рак" , "краб"]
];
var trueAnswers = 0
var puzzle = 0
function findAnswer(userInput){
if (answers.includes(userInput, 1)){
//возвращает false при проверке элемента
puzzle++
trueAnswers++
return alert("Вы угадали.")
} else {
puzzle++
return alert("Вы не угадали.")
}
}
for (var i = 0; i < 3; i++){
var userInput = prompt((answers[puzzle][0])).toLowerCase()
findAnswer(userInput)
}