Вы же осознаете что если вы пишите
AGAINST ('тоже время в консоли и в HeidiSQL запрос выполняется без проблем')
производится НЕ ПОИСК ВСЕГО предложения, а поиск по словам
время консоли HeidiSQL запрос выполняется проблем
ищутся тексты с вхождением ЛЮБОГО этого слова. Естественно если у вас там полтомика толстого, то вы упираетесь в ненастраиваемый лимит. Ибо искать любое вхождение 1000 слов - бессмысленно.
В ответ на вопрос возникает 2 варианта решения.( без запроса это по сути вангование)
1. Возможно вы забыли про
MATCH (…) AGAINST (‘…’ IN BOOLEAN MODE);
2. Использовать sphinx, который рожден для таких задач
Что касается того что запрос выполняется в консоли это странно. Возможно это другой запрос.