Принцип Twig - в нем НЕЛЬЗЯ выполнять PHP (это в Blade можно все, но это другая история). Если нужно что-то выполнить, например шорткод или другую функцию WordPress, используйте Timber (подробнее) или пишите свое расширение для Twig для каждой из функций.
Деактивированный плагин не используется в движке. Влияние на скорость? Вопрос только какую. ))) Плагины лучше удалять, они могут содержать уязвимости и они останутся уязвимыми даже в отключенном состоянии.
Владелец и группа, которым принадлежат папки и файлы, должны соответствовать владельцу и группе, от имени которых работает PHP. Обычно в дефолте это www-data:www-data. Проверьте конфиг PHP.
Отредактируйте шаблон вывода блога. Это обычно файл index.php в корне темы. Редактировать лучше дочернюю тему, чтобы изменения при обновлении основной темы не затирались.