Категория берется первая из списка.
Я думаю, что в вашем случае в идеале создать ТРИ таксономии и дальше спокойно ими рулить. Все равно без написания портянки кода дело не обойдется. :-)
Islam Ibakaev, абсолютно, это стандартный способ создания касотмных постов, а любой плагин - это риск нарваться на уязвимость. На моей памяти CPT UI уже не раз компрометировали.
Максим Федоров, ну под рутом не самый лучший вариант, мало ли что. А под пользователем вполне. Просто не все задачи можно решить под пользователем. Я на Deployer и виртуальные хосты создаю и базы данных новые и много чего еще. Это можно сделать только под рутом.