За смену текста на кнопке в корзине обычно отвечат 2 скрипта:
1. Для карточки товара - скрипт в product.tpl ищите по $('#button-cart').on('click', function() {
В вашем шаблоне вот эти строки собственно отвечают за саму замену: $('#cart-total').html(json['total']);
2. В common.js, у вас /catalog/view/javascript/common3.js функция addToCart, 163 строка: $('#cart-total').html(json['total']);
1. У вас id задан заголовку, а не блоку.
2. offset считается в тот момент, когда меню открыто, а потом оно скрывается, т.е.
var destination = $(elementClick).offset().top - $('nav').height();
Если файлы уже на сервере вам достаточно помнить список путей.
Храните их в любом невидимом инпуте или создавайте инпут под каждый новый файл, как советовали выше.
1. У вас подключена jQuery два раза и конфликтует, поэтому у вас в логах scripts.js?ver=1.0.0:1 Uncaught TypeError: $ is not a function
2. Когда отлавливаете клики по ссылкам, не забывайте отменять дейсвие по умолчанию:
$( "a" ).click(function( event ) {
event.preventDefault();
...
});