На мой взгляд вы выбираете между плохим и ужасным решением.
При этом не очень понятно каким образом 20 000 индексных страниц могут "нагрузить систему". Почему это с технической стороны должно быть хуже/тяжелее?
20 000 индексных страниц нагрузят вас - поддерживать такое превратится в мартышкин труд. Совершенно не понятно почему вы собрались делать на каждый раздел отдельную индексную страницу. Почему не сделать её одну на все разделы?
То есть, что лучше, использовать комплексный компонент или разбивать каталог на раздельные части, размещая разделы инфоблока в разных индексных папках?
Ложная дихотомия тут. Почему вы полагаете что у вас выбор между комплексным компонентом и собственной индексной страницей для каждого раздела?
Сделайте три файла в каталоге - index, section и detail и разместите в них соответственно список разделов, раздел, и детальную страницу элемента.
Т.е. в index - catalog.section.list, в section - catalog.section и в detail соотвественно catalog.element.
Настройте нужным образом urlrewrite и это на мой взгляд лучшее решение. Можно конечно применить и комплексный компонент в одном индексном файле, но на мой взгляд это плохое решение - оно менее прозрачно, громоздко и может привести к ошибка в работе с url, так как перекладывает на вас контроль за настройками путей на сайте.
