Quintis, сожалею, но с кастомной сборкой LAMP\LEMP не смогу помочь. Всегда юзал и юзаю самостоятельно настроенные Nginx + прочие компоненты :) Видимо проблема именно с правами. Если на том же сервере получится от не-рута собрать из гита в какой-то другой каталог теория подтвердится.
egorggegor, вывод в stderr определятся не только вашим кодом. возможно у вас валится какой-нибудь permission denied. какой exit code после закрытия вашего приложения? ./your-app; echo $?
newuser20, один из вариантов - запустить командую строку от имени администратора (Пуск -> cmd, контекстное меню "Запустить от администратора"). В командной строке:
python ваш_скрипт.py
Библиотек таких нет т. к. это механизм всех современных операционных систем.