Padre

$this->createTable('test33', [
            'id_1' => $this->integer(11)->notNull(),
            'id_2' => $this->integer(11)->notNull(),
        ]);

$this->addPrimaryKey('pk-ids', 'test33, ['id_1', 'id_2']);

В данном случае также исключаются повторы совпадений, то есть пара id_1=55 и id_2=66 будет уникальной

Если тебе нужно будет работать с моделями / формами и на фронтенде и на бэкенде то помещай их в папку common/models, например модель Users с помощью которой ты выводишь список пользователей, она тебе будет нужна как в фронтенде так и в админке, ее следует поместить в коммон, если же ты пишешь например модель Comments которая будет выводить комментарии к определенному посту, но ты не будешь выводить комментарии в админке то помещай эту модель в папку frontend/models, удобнее будет подключить ( use app/models/Comments; ) если же тебе надо вывести какую то статистику только в админке то создавай модели в папке backend/models.
Но ничего страшного не случится если ты модель создашь не в той папке, просто надо будет менять путь подключения в нейсмпейсе. А вот с контроллерами тут по другому, их ты создаешь только в нужном приложении, если создаешь контроллер StatisticsController который будет выводить какую то статистику то помещать его надо именно в бэкенд, потому что заходить на него ты будешь из админки, если же ты хочешь что бы он был доступен и из админки и из фронтенда - создай 2 контроллера. Надеюсь все понятно изложил

Так вы класс или функцию подключаете?
Может просто new забыли?

Для этого и есть debug панель, которая в yii2 просто замечательная. Просто включите ее и смотрите все это инфо и даже больше.
www.yiiframework.com/doc-2.0/yii-debug-module.html
в конфиге:

'bootstrap' => ['log','debug'],
    'modules' => [
        'debug' => [
            'class' => 'yii\debug\Module',
            'allowedIPs' => ['тутВашIP'] //на локалке можно просто удалить эту строку
        ],
    ]

Если try/catch юзать то от Yii2

try {
    //...
}
catch (\yii\db\Exception $exception) {
    //...
}

Добрый вечер.
Уберите первое сохранение в базу $phone ->save();

P.S.

Хочу добится что бы если пользователь по ошибке или специально ввёл одинаковые данные приложение не упало, а корректно сказало ему "извините такая запись уже есть" и всё.

Для этого, в yii2, существует валидация.
В данном случае Вам подойдёт вот этот встроенный валидатор, который будет проверять передаваемые пользователем данные на уникальность. При попытке передать одинаковые данные он выдаст предупреждение.
Вот так, например, можно проверять адрес e-mail на уникальность

// в модели, в правилах валидации пишите
['email', 'unique', 'targetClass' => self::className(),
                                'message' => 'Извините, такой e-mail уже существует в базе данных',

Так можно проверять и логины и телефоны и всё что пожелаете...